Born and raised in Vietnam, be engaged in science in Europe, now exploring a “modern American dream”
Categories
1. Vì sao lại thế? (43)2. Vì cuộc đời là những chuyến đi … (26)3. Giải trí – Lảm nhảm (39)
Recent Posts
Huy’s Twitter
Blog NVT
An error has occurred; the feed is probably down. Try again later.
Bạn đang xem: In vitro là gì
Blog NBC
An error has occurred; the feed is probably down. Try again later.
Blog KHMT
An error has occurred; the feed is probably down. Try again later.
Blog DTS
Blog Huy Duc
Blog LongTQ
Blog VHV
Blog HHK
Blog Zetamu
Blog Stats
39,509 hits
Trong quá trình tìm đường lạc khỏi mê cung sinh học mà càng tìm đường ra càng rắc rối, các concept/khái niệm theo một công thức đệ qui rối rắm mà có lẽ các bậc tiền bối của chúng ta chắc hẳn cũng không tưởng tượng ra tôi tìm được một số khái niệm thú vị. Đọc liên miên trong một suy nghĩ là tìm cách lý giải tại sao sinh học lại có thể trở thành một trong những nghành khoa học hoa tiêu ở thế kỷ 21 như hiện nay, tại sao người ta có thể suy luận/giải thích/dự đoán được các hiện tượng sinh học từ phòng thí nghiệm, thậm chí hiện nay được ta có thể mô hình hóa, hay mô phỏng sự biến đổi DNA bởi một thứ tương tự như word processor. Trong một buổi lang thang trong lecture hall (chẳng hiểu sao cách làm tôi nhớ lại những buổi seminar nhất là ngồi một mình trong lecture hall tưởng tượng lại mọi thứ), tôi bất chợt gặp một cai flyer của một hội nghị về small RNA ở IMBA, bị hấp dẫn bởi cụm slogan “in vivo, in vitro, in situ, in silico, in Vienna …” Quá trình tìm hiểu những thuật ngữ đáng yêu này phần nào giúp tôi giải đáp được các câu hỏi tự đặt ra. Trong entry này, tôi omit “in situ” vì cho rằng nó không quan trọng, hấp dẫn và phần nào là intermediate phase giữa 3 terms quan trọng còn lại.
Xem thêm: Absinthe Là Gì – Rượu Absinthe áp Xanh
Tôi google nhưng không tìm được câu trả lời thỏa đáng, nhất là một ví dụ nào đó thật điển hình. Wikipedia cho tôi những định nghĩa khá abstract dưới đây :
Ví dụ này trong đó có đoạn “The aim to reproduce physiological processes not only in vivo (in living organisms) and in vitro (in the test tube), but also in silico (in the computer), has come closer” khá hay, phần nào đó nó phản ánh được ý nghĩa của 3 thuật ngữ trong một common context (ngữ cảnh chung).
Tôi đem những suy nghĩ này đi trao đổi một một đồng nghiệp là dân sinh học trong lab, và phát hiện ra cái dự án tôi đang làm với anh ta cũng có đủ cả 3 yếu tố này. Briefly, lab tôi muốn nghiên cứu về việc maintenance của các transcriptional gene silencing (polypoidisation, sự multiplication của các chromosome complement, một hiện tượng khá phổ biến trong higher plants) trong Arabidopsis sử dụng hygromycin resistance transgene (HPT, một loại toxic cho sự phát triển của plants, lab chúng tôi là một trong ít nơi trên thế giới làm về sự thay đổi phenotype của plants sau HPT treatment). Kết quả hiện tại khá promising.
In vivo : Lab tôi có grow một population of plants khá lớn trong điều kiện tự nhiên và sau đó extract mRNA và dùng phương pháp qPCR để amplify sự thay đổi của các gene activities mà chúng tôi quan tâm.In vitro : Sau HPT treament, lab tôi có một số mutants tạo ra (vài trăm lines), sau đó có cross chúng tạo ra vài generations để theo dõi sự thay đổi từ polyploidisation đến tetraploidisation.In silico : đây là giai đoạn tôi tham gia, chúng tôi có một số (hơn 10) arrays về dữ liệu mỉcroarrays, kết hợp với các available dataset, chúng tôi dùng các phương pháp xác định các genes mà expessions của nó thay đổi (statistically significant), đây là task quan trọng nhất sau đó với các kỹ thuật xác suất khác.
Xem thêm: Openstack Là Gì – Và Lợi ích Của Nó
Hai bài presentation này cho ta thêm một vài ví dụ về “in vivo, in vitro, in silico” trong cùng một câu chuyện sinh học.
In vivo, in vitro, in silico trong khoa học máy tính liệu là gì nhỉ ? Một pioneering method để giải quyết một bài toán NP với chứng minh lý thuyết đầy đủ, phương pháp đó với một vài modifications để áp dụng giải bài toán ứng dụng khác, và với phương pháp này được dữ liệu simulation chứng tỏ hơn các phương pháp khác. Vậy chăng ?
Chuyên mục: Hỏi Đáp
